故事发生在嘉靖末年,内阁首辅严嵩为了能让儿子严世藩接班,急于医治严世蕃的眼睛,四处寻找神医,在工部侍郎赵文华的推荐下,找到了被倭寇掠去日本多年、刚刚回国的名医许仪后,许仪后借口没有医治严世藩眼睛的药物,再次被海盗罗文龙送去了日本,并将他的女儿许灵儿扣为人质。
神医为严世蕃治疗眼疾的消息,不知被谁传扬了出去,导致御史邹应龙等人冒死弹劾严世藩,于是,嘉靖皇帝决定抄了严世藩的家,这时,许灵儿等人趁机逃离了严府,偶遇了落难的李成梁和李如松,并给李家父子的大忙,使得李成梁得以重新出山,李如松考中武状元。
为了配合徐阶搬倒严嵩,许灵儿协助锦衣卫抓获了倭寇与严世藩的联络人罗文龙,立下功勋,得以加入锦衣卫,接着,她千里走单骑赴日本救父,在准备回国之际又接到新的任务。当时,戚继光等爱国将领已经荡平了大明沿海的倭寇,但在日本还滞留有很多大明的海盗,朝廷派出锦衣卫赴日本锄奸,许灵儿临时受命帮忙。
七名锦衣卫在日本堺町和九州岛锄奸,由于海盗林一官及其狡猾,没能顺利完成任务,受到日本当地如岛津义久等大名的阻挠,也得到了石山本愿寺的帮助,牺牲了四名锦衣卫,但他们的行动给了海盗集团很大的打击。
严世藩和罗文龙为了给自己留后路,以给石山本愿寺捐赠为名,通过海盗运往日本很多的金银财宝,但这些金银财宝都没有送到石山本愿寺,而是留在了海盗自己的手里,招致日本大名武士不择手段的抢夺,由于海盗头子提前转移,那些日本人没能找到财宝,却毁灭了海盗的据点。
海盗头子林一官结识了还没有成气候的丰臣秀吉(木下藤吉郎),二人狼狈为奸,计划在未来共同“征服世界”。
由于锦衣卫对海盗头子林一官紧追不舍,给各海盗据点带来了毁灭性的打击,致使林一官被迫离开日本去了琉球。
琉球国王得知林一官是朝廷的钦犯,正要捉拿他的时候,因有人通风报信,林一官诈死,改名林风,被迫离开琉球返回大陆沿海,以经商为名建立了几十个据点,以待配合日本人夺取大陆。
许灵儿救出父亲和朱均旺父子,决定返回辽东准备和李如松成亲,途径朝鲜又被海盗集团在朝鲜的匪徒所害,致使许仪后和朱均旺又被掠回日本,许灵儿邂逅李舜臣,得知李如松已经成亲,大失所望,再次赴日救父。
林风娶了罗文龙的女儿罗阿敏,罗阿敏为了寻找妹妹阿萍,和林风一起回到了日本,却被萨摩领主岛津义久所害,林风的弟弟林文涛在海盗集团覆灭后出家,配合在岛津家做武士的锦衣卫郭国强救了罗阿敏,并将其送回国内;同时,文涛也救了林风,却把他圈禁在了比叡山延历寺。
直到织田信长火烧比叡山,林风才逃了出来,之后,他们返回大陆,聚集南澳岛,劫持商船,准备卷土重来,把搭乘商船的许灵儿劫持到了南澳。
由于害怕受到福建和广东水军的联合打击,林风突然决定攻打马尼拉,试图在吕宋建立自己的根据地,但此时,吕宋岛已经被西班牙人所占领。
攻打马尼拉失败后,林风不得不释放许灵儿等人,并试图与西班牙人讲和;而西班牙人则利用海盗的威胁,也想象葡萄牙人占据澳门那样,索取明朝的土地岛屿,提出开放沿海口岸、自由传教等无理要求,被福建提督胡守仁严词拒绝。
胡守仁本是戚继光的部下,许灵儿回到福建后,被胡守仁送往辽东,当时努尔哈赤正在给李成梁当侍卫,由于一个偶然的原因,许灵儿和努尔哈赤双方逃离辽东……