故事发生在嘉靖末年，内阁首辅严嵩为了能让儿子严世藩接班，急于医治严世蕃的眼睛，四处寻找神医，在工部侍郎赵文华的推荐下，找到了被倭寇掠去日本多年、刚刚回国的名医许仪后，许仪后借口没有医治严世藩眼睛的药物，再次被海盗罗文龙送去了日本，并将他的女儿许灵儿扣为人质。

神医为严世蕃治疗眼疾的消息，不知被谁传扬了出去，导致御史邹应龙等人冒死弹劾严世藩，于是，嘉靖皇帝决定抄了严世藩的家，这时，许灵儿等人趁机逃离了严府，偶遇了落难的李成梁和李如松，并给李家父子的大忙，使得李成梁得以重新出山，李如松考中武状元。

为了配合徐阶搬倒严嵩，许灵儿协助锦衣卫抓获了倭寇与严世藩的联络人罗文龙，立下功勋，得以加入锦衣卫，接着，她千里走单骑赴日本救父，在准备回国之际又接到新的任务。当时，戚继光等爱国将领已经荡平了大明沿海的倭寇，但在日本还滞留有很多大明的海盗，朝廷派出锦衣卫赴日本锄奸，许灵儿临时受命帮忙。

七名锦衣卫在日本堺町和九州岛锄奸，由于海盗林一官及其狡猾，没能顺利完成任务，受到日本当地如岛津义久等大名的阻挠，也得到了石山本愿寺的帮助，牺牲了四名锦衣卫，但他们的行动给了海盗集团很大的打击。

严世藩和罗文龙为了给自己留后路，以给石山本愿寺捐赠为名，通过海盗运往日本很多的金银财宝，但这些金银财宝都没有送到石山本愿寺，而是留在了海盗自己的手里，招致日本大名武士不择手段的抢夺，由于海盗头子提前转移，那些日本人没能找到财宝，却毁灭了海盗的据点。

海盗头子林一官结识了还没有成气候的丰臣秀吉（木下藤吉郎），二人狼狈为奸，计划在未来共同“征服世界”。

由于锦衣卫对海盗头子林一官紧追不舍，给各海盗据点带来了毁灭性的打击，致使林一官被迫离开日本去了琉球。

琉球国王得知林一官是朝廷的钦犯，正要捉拿他的时候，因有人通风报信，林一官诈死，改名林风，被迫离开琉球返回大陆沿海，以经商为名建立了几十个据点，以待配合日本人夺取大陆。

许灵儿救出父亲和朱均旺父子，决定返回辽东准备和李如松成亲，途径朝鲜又被海盗集团在朝鲜的匪徒所害，致使许仪后和朱均旺又被掠回日本，许灵儿邂逅李舜臣，得知李如松已经成亲，大失所望，再次赴日救父。

林风娶了罗文龙的女儿罗阿敏，罗阿敏为了寻找妹妹阿萍，和林风一起回到了日本，却被萨摩领主岛津义久所害，林风的弟弟林文涛在海盗集团覆灭后出家，配合在岛津家做武士的锦衣卫郭国强救了罗阿敏，并将其送回国内；同时，文涛也救了林风，却把他圈禁在了比叡山延历寺。

直到织田信长火烧比叡山，林风才逃了出来，之后，他们返回大陆，聚集南澳岛，劫持商船，准备卷土重来，把搭乘商船的许灵儿劫持到了南澳。

由于害怕受到福建和广东水军的联合打击，林风突然决定攻打马尼拉，试图在吕宋建立自己的根据地，但此时，吕宋岛已经被西班牙人所占领。

攻打马尼拉失败后，林风不得不释放许灵儿等人，并试图与西班牙人讲和；而西班牙人则利用海盗的威胁，也想象葡萄牙人占据澳门那样，索取明朝的土地岛屿，提出开放沿海口岸、自由传教等无理要求，被福建提督胡守仁严词拒绝。

胡守仁本是戚继光的部下，许灵儿回到福建后，被胡守仁送往辽东，当时努尔哈赤正在给李成梁当侍卫，由于一个偶然的原因，许灵儿和努尔哈赤双方逃离辽东……