袁崇焕擅自杀害毛文龙，这一行为在崇祯皇帝心中留下了巨大的阴影，并且引起了朝廷内部的震动。崇祯皇帝虽然事先不知情，但在袁崇焕保证“五年平辽”后，不得不接受这一事实并对袁崇焕进行褒奖。
袁崇焕的行动直接帮助了后金的皇太极免除了后顾之忧，使得后金能够更自由地实施战略计划。毛文龙死后三个月，后金军队就杀入关内，直接威胁到了北京城。
毛文龙在对抗后金的过程中建立了有效的情报网络，他的死导致这个网络的全面崩塌，使得明朝对后金的行动反应滞后。
袁崇焕杀害毛文龙后，东江集团内部出现了严重的分裂和内斗。袁崇焕为了避免再出现类似毛文龙的人物，没有在东江设立帅位，导致东江集团无法统一号令，将领间内斗不休。
毛文龙被杀对东江军事集团的军心和士气造成了巨大的打击，一些将领和士兵对袁崇焕的行为感到不满，甚至有的投奔了后金。
毛文龙生前，辽民经常起义投奔明朝，而毛文龙死后，辽民开始叛乱投奔后金，成为明朝的动乱之源。
毛文龙一死，明方在战略上的优势完全颠倒，后金得以采取更为积极的行动，而明朝则处于被动防守的位置。
崇祯二年袁崇焕斩杀了毛文龙，但他并没有借机对东江镇进行清洗，所以东江镇实力尚在。不过袁崇焕为了便于以后控制东江镇，却刻意地为东江镇制造了分裂。
袁崇焕将东江分为了四协，分别委任毛承禄、陈继盛、徐敷奏、刘兴祚四人统领。后又合并为两协，由陈继盛和刘兴祚分领。（袁崇焕勘合东江镇有战兵二万八千余人）
刘兴祚原本是努尔哈赤的爱将（后金称其刘爱塔），天启三年被登莱巡抚袁可立劝降（刘兴祚是在崇祯元年正式归明）。所以对于东江镇来说，刘兴祚就是个外来户。而袁崇焕拉拢他的目的也是显而易见的，制造分裂，让他制衡东江旧人。
说明：刘兴祚在天启三年被劝降后，当年计划带着复州军民一起投明，但是事泄未果导致两万多人被杀。不过一是努尔哈赤对刘兴祚非常信任（刘兴祚否认计划叛逃，努尔哈赤处死了告密的王丙），二是后金自身人力不足也需要刘兴祚这样的小军阀帮助其控制辽东大地，所以刘兴祚得以活命。
袁崇焕被崇祯处死后，接任的孙承宗也继续奉行了他的这一策略。他让刘兴祚以副将身份掌管皮岛军务，授予了刘兴祚完全压过陈继盛等原东江诸将的地位。这导致两派之间的斗争日益恶化。
原本东江旧将就不满袁崇焕斩杀毛文龙，现在朝廷的这种做法更是激起了他们的激烈反抗。以孔有德、耿仲明、李九成、李应元为首的一批中下级军官，纷纷带着自己的部属离开东江镇，前往山东投奔登莱巡抚孙元化。
留在东江镇的将官们也不服刘兴祚的领导，反而用他们的身份谣传他们兄弟二人欲叛明投金。
说明：明朝中后期武将地位急剧下降后都非常惧怕不服朝廷、谋叛之类的谣言，因为朝廷官员一旦相信，往往不会给他们申辩的机会，直接处死。毛文龙本人就是个活生生的例子。
“己已之变”中刘兴祚奉命入关勤王，不幸战死，由其弟刘兴治代领他的职务。刘兴治有远超他哥哥的野心以及能力，加之朝廷并未抚恤和皮岛上谣言给他的压力。他为了自保，决定独控东江镇，做一方诸侯，在明朝和后金之间左右逢源获利。
刘兴治以给他哥哥治丧为由，在崇祯三年四月十二日，将陈继盛及其亲信一百多人诱骗到皮岛后全部抓捕并斩杀。刘兴治当时只有三百多个亲信，为什么能成功呢？
因为他学了袁崇焕，刘兴治是假称领了蓟辽督师孙承宗的口令。陈继盛因为还忠于朝廷所以没有反抗，不然胜负犹未可知。
朝廷在处理此次兵变时完全偏向了刘兴治，不但没有追究刘兴治的罪行，孙承宗还将刘兴祚的“东江前协副将”之职实授刘兴治，并向皮岛发放饷银。这实际上是认可了刘兴治对东江镇的控制。
不论朝廷这么做的目的是什么，这么做让东江旧将们（包括那些离开东江去山东的）的心更寒。之前毛文龙被杀，这些人还幻想着朝廷以后会为毛文龙平反（陈继盛就一直在上疏朝廷要求给毛文龙平反，只是朝廷不搭理他）。
结果崇祯二年袁崇焕被定罪时，虽然罪名里有“斩帅”之罪，但是朝廷只认为袁崇焕罪在矫诏，并没有给毛文龙平反。现在刘兴治和朝廷几乎是翻版重演了一次，这只会让东江将士们认为朝廷根本就不在乎他们（朝廷确实是不在乎他们）。这近乎朝廷给他们发放了日后叛乱的许可。
朝廷这么做的原因有两个，其一是东江镇在毛文龙时代是明朝唯一不受文官直接控制的军镇（这也是毛文龙被杀的主要原因），所以朝廷对于东江镇抱有很深的成见，不信任他们。很多朝臣觉得分化、肢解掉东江镇更好。
朝廷官员们的成见，让那些离开东江镇去山东讨生活的东江籍将士们也备受牵连，他们在山东普遍不被当前官员、山东军卫待见，常常被歧视和刁难。
其二，在朝臣们眼中明军将士都不过是些廉价的可再生资源（只要有军饷，召之即来），所以他们认为只要控制住带军的将领即可。控制的手法也很简单，听话就发饷，不听就杀。换句话说，军镇里的武将互斗，朝臣们并不在乎，他们只在乎最后的胜利者听话不听话。
说明：这里笔者吐槽一下，如果陈继盛是文官，刘兴治就根本不敢杀他。因为杀后，朝廷必然将他定性为叛逆。之前的毛文龙也一样，如果他是文官，袁崇焕没有圣旨，拿着十把尚方宝剑也不敢杀。